生物化学wiki

oakbridgeでgromacsを使う

oakbridgeにファイルシステムを接続

sshfs oakbridge:サーバーのディレクトリ  クライアントのディレクトリ

gromacsのロード

module load gromacs/2020.4

水分子でチュートリアル

以下の方法に従って行った

https://www.hpc.co.jp/tech-blog/2020/04/14/gromacs-tutorial-watermd-intro/

oakbridgeで実行するときはgmxではcommand not foundとなるのでgmx_mpiに置き換えて実行する。

nvtのmd実行速度

cpu: Intel® Xeon Platinum 8280 2.7GHz 

               Core t (s)   Wall t (s)        (%)
       Time:     1109.971       19.821     5599.9
                 (ns/day)    (hour/ns)
Performance:      217.952        0.110

samplingのmd実行速度

               Core t (s)   Wall t (s)        (%)
       Time:     2838.425       50.686     5600.0
                 (ns/day)    (hour/ns)
Performance:      170.462        0.141

VMDのインストール

homebrewになかったのでcondaで入れようと思ったがlinuxのみ対応だった

ので

https://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD

からインストール

high sierra(10.13)でも

MacOS 10.15, x86_64 (64-bit Intel x86_64) (Apple MacOS-X 10.15 or later)

が動いた。

VMD での.mp4動画作成

出来あがる動画はこんな感じ

https://youtu.be/8AkwZiUOs3c

ウインドウサイズに即した大きさのmp4スタック動画ができるのでウインドウサイズに注意。

初期座標とtrackdataをを読み込んだVMDで

Extensions -> Visualization -> Movie Maker

を選択、

Formatタブ -> JPEG frames (ImageMagick)

を選択後

Make Movie

ボタンを押すと

/var/folders/54/23bhwbzj7kn8t3fsky9xs0l80000gn/T/

に

final.*.jpg

という画像ができた。。

bashで以下のコマンドを打ちjpgからmp4を生成

convert -delay 6 -quality 95 /var/folders/54/23bhwbzj7kn8t3fsky9xs0l80000gn/T/final*jpg movie.mp4

しようと思ったがエラー

convert: delegate failed `'ffmpeg' -nostdin -v -1 -i '%M%%d.pam' -plays %I '%u.%m' 2> '%u'' @ error/delegate.c/InvokeDelegate/1898

が出てできない。ググると ffmpegをインストールしてimagemagicを再インストールする必要があるということ。

https://serverfault.com/questions/748703/converting-jpg-to-mpg-fails-in-convert-imagemagick

brew uninstall imagemagick
brew install ffmpeg
brew install imagemagick

その後、

convert -delay 6 -quality 95 /var/folders/54/23bhwbzj7kn8t3fsky9xs0l80000gn/T/final*jpg movie.mp4

で作成　

ソース:

https://amberhub.chpc.utah.edu/making-movies/

作成した動画

!(https://youtu.be/8AkwZiUOs3c)[https://youtu.be/8AkwZiUOs3c]