導入

ダウンロード

基本操作

• refmac5 input.mtzとinput.pdb -> output.mtz, output.pdb

• coot pdbを操作、保存 coot.pdb

• refmac5

初期のmtzとcoot.pdb -> output.mtz, output.pdb

以下、refmac5とcootを繰り返す

macbookでCootを拡大縮小する方法

XQartzに

pdbファイルの分割(split)・結合（merge）・抽出(extract)

pdb_toolsが便利

インストール

pip install pdb-tools

複数のpdb fileをまとめる

pdb_merge [input files] | pdb_keepcoord | pdb_tidy > [output file]

ソース

https://github.com/haddocking/pdb-tools/issues/94

塩基(residue)を抽出する

pdb_selres -[resid]:[resid]:[step] <pdb file>

# 例
pdb_selres -1:10,20:30 1CTF.pdb # Extracts residues 1 to 10 and 20 to 30
pdb_selres -1:10:5 1CTF.pdb # Extracts every 5th residue from 1 to 10

塩基(residue)を削除する

pdb_delres -[resid]:[resid]:[step] <pdb file>

cootだけで特定の塩基だけを抽出する方法

cootでchange chain ID -> Use Residue range -> from to

で新たにchainを作成

その後メニューバーの

Delete -> chainで必要なchain以外消せる

ソース